OTAR3088/CellFinder_ner_all-V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 357	tags listlengths 0 357
[ "Human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESCs", ")", "and", "neural", "progenitor", "(", "NP", ")", "cells", "are", "excellent", "models", "for", "recapitulating", "early", "neuronal", "development", "in", "vitro", ",", "and", "are", "key", "to", "establishing", "strategies", "for", "the", "treatment", "of", "degenerative", "disorders", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "much", "effort", "had", "been", "undertaken", "to", "analyze", "transcriptional", "and", "epigenetic", "differences", "during", "the", "transition", "of", "hESC", "to", "NP", ",", "very", "little", "work", "has", "been", "performed", "to", "understand", "post-transcriptional", "changes", "during", "neuronal", "differentiation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "a", "major", "form", "of", "post-transcriptional", "gene", "regulation", ",", "is", "important", "in", "mammalian", "development", "and", "neuronal", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "Human", "ESC", ",", "hESC-derived", "NP", ",", "and", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "were", "compared", "using", "Affymetrix", "exon", "arrays", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "introduced", "an", "outlier", "detection", "approach", ",", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "to", "identify", "1,737", "internal", "exons", "that", "are", "predicted", "to", "undergo", "AS", "in", "NP", "compared", "to", "hESC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Experimental", "validation", "of", "REAP-predicted", "AS", "events", "indicated", "a", "threshold-dependent", "sensitivity", "ranging", "from", "56", "%", "to", "69", "%", ",", "at", "a", "specificity", "of", "77", "%", "to", "96", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "REAP", "predictions", "significantly", "overlapped", "sets", "of", "alternative", "events", "identified", "using", "expressed", "sequence", "tags", "and", "evolutionarily", "conserved", "AS", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "results", "also", "reveal", "that", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "between", "hESC", "and", "NP", "will", "overlook", "14", "%", "of", "potential", "AS", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "we", "found", "that", "REAP", "predictions", "are", "enriched", "in", "genes", "encoding", "serine/threonine", "kinase", "and", "helicase", "activities", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "example", "is", "a", "REAP-predicted", "alternative", "exon", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "gene", "that", "is", "differentially", "included", "in", "hESC", ",", "but", "skipped", "in", "NP", "as", "well", "as", "in", "other", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Lastly", ",", "comparative", "sequence", "analysis", "revealed", "conserved", "intronic", "cis-regulatory", "elements", "such", "as", "the", "FOX1/2", "binding", "site", "GCAUG", "as", "being", "proximal", "to", "candidate", "AS", "exons", ",", "suggesting", "that", "FOX1/2", "may", "participate", "in", "the", "regulation", "of", "AS", "in", "NP", "and", "hESC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "summary", ",", "a", "new", "methodology", "for", "exon", "array", "analysis", "was", "introduced", ",", "leading", "to", "new", "insights", "into", "the", "complexity", "of", "AS", "in", "human", "embryonic", "stem", "cells", "and", "their", "transition", "to", "neural", "stem", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "Author", "SummaryDeriving", "neural", "progenitors", "(", "NP", ")", "from", "human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESC", ")", "is", "the", "first", "step", "in", "creating", "homogeneous", "populations", "of", "cells", "that", "will", "differentiate", "into", "myriad", "neuronal", "subtypes", "necessary", "to", "form", "a", "human", "brain", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "During", "alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "noncoding", "sequences", "(", "introns", ")", "in", "a", "pre-mRNA", "are", "differentially", "removed", "in", "different", "cell", "types", "and", "tissues", ",", "and", "the", "remaining", "sequences", "(", "exons", ")", "are", "joined", "to", "form", "multiple", "forms", "of", "mature", "RNA", ",", "playing", "an", "important", "role", "in", "cellular", "diversity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "authors", "utilized", "Affymetrix", "exon", "arrays", "with", "probes", "targeting", "hundreds", "of", "thousands", "of", "exons", "to", "study", "AS", "comparing", "human", "ES", "to", "NP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "To", "accomplish", "this", ",", "a", "novel", "computational", "method", ",", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "is", "introduced", "to", "analyze", "the", "exon", "array", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "authors", "showed", "that", "REAP", "candidates", "are", "consistent", "with", "other", "types", "of", "methods", "for", "discovering", "alternative", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "REAP", "candidate", "alternative", "exons", "are", "enriched", "in", "genes", "encoding", "serine/theronine", "kinases", "and", "helicase", "activities", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "example", "is", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "gene", "that", "is", "included", "in", "hESC", ",", "but", "excluded", "in", "NP", "as", "well", "as", "in", "other", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "by", "comparing", "genomic", "sequences", "across", "multiple", "mammals", ",", "the", "authors", "identified", "dozens", "of", "conserved", "candidate", "binding", "sites", "that", "were", "enriched", "proximal", "to", "REAP", "candidate", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "human", "central", "nervous", "system", "is", "composed", "of", "thousands", "of", "neuronal", "subtypes", "originating", "from", "neural", "stem", "cells", "(", "NSCs", ")", "that", "migrate", "from", "the", "developing", "neural", "tube", "." ]	[ "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue" ]
[ "Such", "neuronal", "complexity", "is", "generated", "by", "a", "vast", "repertoire", "of", "molecular", ",", "genetic", ",", "and", "epigenetic", "mechanisms", ",", "such", "as", "the", "active", "retrotransposition", "of", "transposable", "elements", "[", "1", "]", ",", "alternative", "promoter", "usage", ",", "alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "alternative", "polyadenylation", ",", "RNA", "editing", ",", "post-translational", "modifications", ",", "and", "epigenetic", "modulation", "[", "2", "]", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Understanding", "the", "processes", "that", "generate", "neuronal", "diversity", "is", "key", "to", "gaining", "insights", "into", "neuronal", "development", "and", "paving", "new", "avenues", "for", "biomedical", "research", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESCs", ")", "are", "pluripotent", "cells", "that", "propagate", "perpetually", "in", "culture", "as", "undifferentiated", "cells", "and", "can", "be", "induced", "to", "differentiate", "into", "a", "multitude", "of", "cell", "types", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "[", "3", "]", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "hESCs", "can", "theoretically", "generate", "all", "cell", "types", "that", "make", "up", "an", "organism", ",", "they", "serve", "as", "an", "important", "model", "for", "understanding", "early", "human", "embryonic", "development", "." ]	[ "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "the", "hESCs", "are", "a", "nearly", "infinite", "source", "for", "generating", "specialized", "cells", "such", "as", "neurons", "and", "glia", "for", "potential", "therapeutic", "purposes", "[", "4,5", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "recent", "years", ",", "methods", "have", "been", "introduced", "to", "induce", "hESCs", "to", "differentiate", "into", "neural", "progenitors", "(", "NPs", ")", "[", "6,7", "]", "and", "neuronal", "and", "glial", "subtypes", "[", "8–12", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "therapeutic", "interest", "in", "understanding", "the", "molecular", "basis", "of", "pluripotency", "and", "differentiation", "has", "led", "to", "many", "studies", "comparing", "transcriptional", "profiles", "in", "different", "hESC", "lines", "and", "the", "study", "of", "expression", "changes", "during", "the", "differentiation", "of", "hESCs", "to", "various", "lineages", "[", "13–17", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NSCs", "and", "progenitor", "cells", "(", "NPs", ")", "are", "present", "throughout", "development", "and", "persist", "into", "adulthood", "[", "18–20", "]", "." ]	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "They", "are", "critical", "for", "both", "basic", "research", "and", "developing", "approaches", "to", "treat", "neurological", "disorders", ",", "such", "as", "Parkinson", "disease", "and", "amyotrophic", "lateral", "sclerosis", "(", "ALS", ")", ",", "and", "stroke", "or", "head", "injuries", "[", "21,22", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NSCs", "and", "NPCs", "can", "be", "isolated", "from", "human", "fetal", "brain", "tissue", "[", "23–26", "]", ",", "as", "well", "as", "from", "several", "regions", "of", "the", "adult", "human", "brain", ",", "such", "as", "the", "cortex", ",", "hippocampus", ",", "and", "the", "subventricular", "zone", "(", "SVZ", ")", "of", "the", "lateral", "ventricles", "[", "26–35", "]", "." ]	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Several", "studies", "have", "explored", "expression", "patterns", "of", "NPCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "For", "example", ",", "Wright", "et", "al.", "identified", "“", "expressed", "”", "and", "“", "not", "expressed", "”", "genes", "in", "NPCs", "isolated", "from", "the", "human", "embryonic", "cortex", "[", "24", "]", ";", "Cai", "et", "al.", "used", "the", "massively", "parallel", "signature", "sequencing", "profiling", "(", "MPSS", ")", "technique", "to", "analyze", "expression", "of", "fetal", "NPCs", "in", "comparison", "to", "hESCs", "and", "astrocyte", "precursors", "[", "27", "]", ";", "Maisel", "et", "al.", "used", "Affymetrix", "Gene", "Chip", "arrays", "to", "compare", "adult", "and", "fetal", "NPCs", "propagated", "in", "neurospheres", "[", "35", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "as", "with", "hESCs", ",", "the", "focus", "thus", "far", "has", "been", "primarily", "on", "transcriptional", "differences", ",", "which", "ignores", "differential", "RNA", "processing", "such", "as", "AS", ",", "polyadenylation", ",", "degradation", ",", "or", "promoter", "usage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "AS", "is", "frequently", "used", "to", "regulate", "gene", "expression", "and", "to", "generate", "tissue-specific", "mRNA", "and", "protein", "isoforms", "[", "36–39", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "studies", "using", "splicing-sensitive", "microarrays", "suggested", "that", "up", "to", "75", "%", "of", "human", "genes", "undergo", "AS", ",", "where", "multiple", "isoforms", "are", "derived", "from", "the", "same", "genetic", "loci", "[", "40", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "functional", "complexity", "underscores", "the", "challenge", "and", "importance", "of", "elucidating", "AS", "regulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "AS", "appears", "to", "play", "a", "dominant", "role", "in", "regulating", "neuronal", "gene", "expression", "and", "function", "[", "41,42", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Examples", "of", "splicing", "regulators", "that", "are", "enriched", "and", "function", "specifically", "in", "neuronal", "cells", "include", "the", "brain-specific", "splicing", "factor", "Nova", "[", "43,44", "]", "and", "neural-specific", "polypyrimidine", "tract", "binding", "protein", "(", "nPTB", ")", ",", "which", "antagonizes", "its", "paralogous", "PTB", "to", "regulate", "exon", "exclusion", "in", "neuronal", "cells", "[", "45–47", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "an", "early", "report", "estimating", "that", "15", "%", "of", "point", "mutations", "disrupt", "splicing", "underscores", "the", "importance", "of", "splicing", "in", "human", "disease", "[", "48", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Indeed", ",", "the", "disruption", "of", "specific", "AS", "events", "has", "been", "implicated", "in", "several", "human", "genetic", "diseases", ",", "such", "as", "frontotemporal", "dementia", "and", "parkinsonism", ",", "Frasier", "syndrome", ",", "and", "atypical", "cystic", "fibrosis", "[", "49", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "insights", "into", "the", "regulation", "of", "AS", "have", "come", "predominantly", "from", "the", "molecular", "dissection", "of", "individual", "genes", "[", "36,49", "]", ",", "it", "is", "becoming", "clear", "that", "molecular", "rules", "can", "be", "identified", "from", "large-scale", "studies", "of", "both", "constitutive", "splicing", "and", "AS", "[", "40", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Most", "systematic", "global", "analyses", "on", "AS", "have", "focused", "on", "comparisons", "across", "differentiated", "human", "tissues", "[", "50–52", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "one", "study", ",", "utilizing", "expressed", "sequence", "tag", "(", "EST", ")", "collections", "from", "stem", "cells", ",", "has", "attempted", "to", "find", "AS", "differences", "between", "embryonic", "and", "hematopoietic", "stem", "cells", "[", "53", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "utilizing", "ESTs", "to", "identify", "AS", "has", "intrinsic", "problems", ",", "as", "ESTs", "tend", "to", "be", "biased", "for", "the", "3′", "ends", "of", "genes", ",", "and", "full", "coverage", "of", "the", "genome", "by", "ESTs", "is", "severely", "limited", "by", "sequencing", "costs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "commercial", "availability", "of", "Affymetrix", "exon", "arrays", "provides", "an", "alternative", "approach", "to", "interrogate", "the", "expression", "of", "every", "known", "and", "predicted", "exon", "in", "the", "human", "genome", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Affymetrix", "GeneChip", "Human", "Exon", "1.0", "ST", "array", "contains", "∼5.4", "million", "features", "used", "to", "interrogate", "∼1", "million", "exon", "clusters", "(", "collections", "of", "overlapping", ")", "of", "known", "and", "predicted", "exons", "with", "more", "than", "1.4", "million", "probesets", ",", "with", "an", "average", "of", "four", "probes", "per", "exon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "goal", "was", "to", "identify", "and", "characterize", "AS", "events", "that", "distinguish", "pluripotent", "hESCs", "from", "multipotent", "NPs", ",", "paving", "the", "way", "for", "future", "candidate", "gene", "approaches", "to", "study", "the", "impact", "of", "AS", "in", "hESCs", "and", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "However", ",", "as", "different", "hESC", "lines", "were", "established", "under", "different", "culture", "conditions", "from", "embryos", "with", "unique", "genetic", "backgrounds", ",", "we", "expected", "that", "hESCs", "and", "their", "derived", "NPs", "might", "have", "distinct", "epigenetic", "and", "molecular", "signatures", "[", "54", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "both", "common", "and", "cell-line", "specific", "alternatively", "spliced", "exons", "are", "likely", "to", "be", "important", "in", "regenerative", "research", ",", "in", "our", "study", "two", "separate", "hESC", "lines", "were", "used", ",", "with", "independent", "protocols", "for", "differentiating", "the", "hESCs", "into", "NPs", "positive", "for", "Sox1", ",", "an", "early", "neuroectodermal", "marker", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "As", "an", "endogenously", "occurring", "population", "of", "NPs", ",", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "grown", "as", "neurospheres", "(", "hCNS-SCns", ")", "were", "utilized", "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "derived", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "We", "developed", "an", "approach", "called", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "which", "is", "based", "on", "robust", "regression", "that", "analyzed", "signal", "estimates", "from", "Affymetrix", "exon", "array", "data", "to", "identify", "AS", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Experimental", "validation", "revealed", "alternative", "exons", "that", "distinguish", "hESCs", "from", "NPs", ";", "some", "of", "them", "also", "distinguish", "hESCs", "from", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "comparison", "of", "REAP-predicted", "alternative", "events", "with", "independent", "methods", ",", "such", "as", "using", "publicly", "available", "transcripts", "(", "ESTs", "and", "mRNAs", ")", "and", "computational", "predictions", "based", "on", "genomic", "sequence", "information", "alone", "[", "55", "]", ",", "showed", "a", "strong", "concordance", "of", "REAP-identified", "AS", "exons", "with", "AS", "events", "identified", "from", "these", "orthogonal", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "using", "analysis", "of", "the", "sequences", "flanking", "REAP-identified", "alternative", "exons", ",", "we", "were", "able", "to", "discover", "known", "and", "novel", "cis-regulatory", "elements", "that", "potentially", "regulate", "these", "AS", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Derivation", "of", "Neural", "Progenitors", "from", "Embryonic", "Stem", "CellsNPs", "were", "independently", "derived", "from", "two", "hESC", "lines", ",", "and", "RNA", "extracted", "from", "the", "cell", "lines", "was", "processed", "and", "hybridized", "onto", "Affymetrix", "Human", "1.0", "ST", "exon", "arrays", "." ]	[ "O", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunohistochemical", "and", "reverse-transcriptase", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "RT-PCR", ")", "analyses", "demonstrated", "that", "the", "hESCs", "expressed", "pluripotent", "marker", "genes", ",", "and", "the", "derived", "NPs", "expressed", "multipotent", "and", "neurogenic", "markers", "similar", "to", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Undifferentiated", "Cythera", "(", "Cyt-ES", ")", "and", "HUES6", "(", "HUES6-ES", ")", "hESC", "lines", "were", "maintained", "in", "culture", "as", "previously", "described", "[", "12,23,56", "]", "." ]	[ "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Utilizing", "specific", "antibodies", ",", "we", "observed", "that", "undifferentiated", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", "cells", "were", "positive", "for", "the", "pluripotent", "markers", "Oct4", ",", "SSEA-4", ",", "and", "Tra-1–80", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NPs", "were", "derived", "from", "the", "hESC", "cell", "lines", "using", "protocols", "optimized", "for", "each", "line", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Greater", "than", "90", "%", "of", "derived", "NP", "cells", "(", "Cyt-NP", "from", "Cyt-ES", "and", "HUES6-NP", "from", "HUES6-ES", ")", "were", "positive", "for", "Sox1", ",", "an", "early", "neuroectodermal", "marker", ",", "and", "Nestin", "(", "Figure", "1A", ")", ",", "and", "negative", "for", "Oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "a", "natural", "benchmark", "for", "the", "derived", "NPs", ",", "we", "utilized", "hCNS-SCns", ",", "which", "were", "previously", "isolated", "from", "fresh", "human", "fetal", "brain", "tissues", "using", "antibodies", "to", "cell-surface", "markers", "and", "fluorescence-activated", "cell", "sorting", "[", "12,23", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "hCNS-SCns", "form", "neurospheres", "in", "culture", "which", "are", "greater", "than", "90", "%", "Nestin", "and", "Sox1", "positive", ",", "and", "differentiate", "into", "both", "neurons", "and", "glial", "cells", "in", "vitro", "[", "12,23", "]", "." ]	[ "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immunohistochemical", "analysis", "confirmed", "that", "hCNS-SCns", "were", "negative", "for", "Oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "and", "positive", "for", "Sox1", "and", "Nestin", "(", "Figure", "1A).Figure", "1Molecular", "Characterization", "of", "Human", "Embryonic", "Stem", "Cell", "Lines", "and", "Neuronal", "Progenitors(A", ")", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "markers", "in", "NPs", "derived", "from", "the", "hESC", "lines", "(", "Cyt-NP", "from", "Cyt-ES", ";", "and", "HUES6-NP", "from", "HUES6-ES", ")", "and", "in", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", "cells", "were", "Nestin", "and", "Sox1", "positive", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Nuclei", "stained", "positive", "for", "Dapi", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "White", "horizontal", "bar", "indicated", "15", "μm.(B", ")", "Gene-level", "signal", "estimates", "of", "marker", "genes", "(", "GAPDH", ",", "Oct4", ",", "Nanog", ",", "Nestin", ",", "Notch1", ",", "DNER", ",", "and", "Sox1", ")", "from", "Affymetrix", "exon", "array", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Vertical", "bars", "indicated", "average", "log2", "normalized", "signal", "estimates", ",", "and", "error", "bars", "represented", "standard", "deviations", "from", "three", "independent", "replicate", "experiments", "per", "cell", "type.(C", ")", "RT-PCR", "of", "marker", "genes", "(", "GAPDH", ",", "Oct4", ",", "Nanog", ",", "Nestin", ",", "Notch1", ",", "DNER", ",", "and", "Sox1).Here", ",", "known", "molecular", "markers", "were", "subjected", "to", "RT-PCR", "measurements", ",", "which", "were", "compared", "to", "gene-level", "signal", "estimates", "generated", "from", "the", "exon", "array", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Total", "RNA", "was", "extracted", ",", "and", "labeled", "cDNA", "targets", "were", "generated", "from", "three", "independent", "preparations", "of", "each", "cell", "type", ",", "namely", "Cyt-ES", ",", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "To", "facilitate", "downstream", "analyses", ",", "instead", "of", "utilizing", "the", "meta-gene", "sets", "available", "from", "the", "manufacturers", ",", "we", "generated", "our", "own", "gene", "models", "by", "clustering", "alignments", "of", "ESTs", "and", "mRNAs", "to", "annotated", "known", "genes", "from", "the", "University", "of", "California", "Santa", "Cruz", "(", "UCSC", ")", "Genome", "Browser", "Database", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "hybridization", ",", "scanning", ",", "and", "extraction", "of", "signal", "estimates", "for", "each", "probeset", "on", "the", "exon", "arrays", ",", "gene-level", "estimates", "were", "computed", "based", "on", "our", "gene", "models", "using", "available", "normalization", "and", "signal", "estimation", "software", "from", "Affymetrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "every", "gene", ",", "a", "t-statistic", "and", "corresponding", "p-value", "were", "computed", "representing", "the", "relative", "enrichment", "of", "the", "expression", "of", "the", "gene", "in", "hESC", "versus", "NP", ",", "such", "as", "in", "Cyt-ES", "versus", "Cyt-NP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "After", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "Benjamini-Hochberg", "method", ",", "a", "p-value", "cutoff", "of", "0.01", "was", "used", "to", "identify", "enriched", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Close", "inspection", "of", "all", "pairs", "of", "hESC-NP", "comparisons", "revealed", "a", "generally", "significant", "overlap", "from", "31", "%", "to", "85", "%", "of", "the", "smaller", "of", "two", "compared", "sets", "of", "enriched", "genes", "(", "see", "Figure", "S1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", "for", "the", "purpose", "of", "identifying", "overall", "pluripotent", "and", "neural", "lineage-specific", "genes", ",", "the", "collective", "set", "of", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "was", "compared", "to", "the", "collective", "set", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES).Oct4", "and", "Nanog", ",", "which", "are", "important", "in", "maintaining", "the", "pluripotent", "state", "of", "embryonic", "stem", "cells", "(", "ESCs", ")", ",", "were", "highly", "expressed", "in", "hESCs", "but", "were", "significantly", "lower", "in", "NPs", "(", "Figure", "1B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "RT-PCR", "of", "Oct4", "and", "Nanog", "mRNA", "levels", "accurately", "reflected", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "array", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interestingly", ",", "Nestin", "was", "not", "significantly", "higher", "in", "NPs", "as", "compared", "to", "the", "hESC", "from", "the", "gene-level", "estimates", "(", "p-value", "0.065", ")", ",", "which", "was", "further", "confirmed", "by", "RT-PCR", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notch", "was", "recently", "identified", "to", "be", "important", "in", "promoting", "the", "neural", "lineage", "entry", "in", "mouse", "ESCs", "[", "57", "]", "and", "was", "shown", "to", "regulate", "stem", "cell", "proliferation", "in", "somatic", "mouse", "and", "hESC", "[", "58", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Gene-level", "signal", "estimates", "suggested", "that", "Notch", "was", "significantly", "higher", "in", "hCNS-SCns", "relative", "to", "hESCs", ",", "but", "levels", "of", "Notch", "were", "not", "significantly", "different", "in", "the", "derived", "NPs", "compared", "to", "hESCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Delta/Notch-like", "EGF-related", "receptor", "(", "DNER", ")", ",", "a", "neuron-specific", "transmembrane", "protein", ",", "was", "recently", "shown", "to", "bind", "to", "Notch", "at", "cell", "–", "cell", "contacts", "and", "activates", "Notch", "signaling", "in", "vitro", "[", "59", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "RT-PCR", "validation", "of", "DNER", "confirmed", "array-derived", "signal", "estimates", ",", "indicating", "an", "enrichment", "of", "DNER", "in", "NPs", "relative", "to", "hESCs", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "Sox1", ",", "a", "HMG-box", "protein", "related", "to", "SRY", ",", "was", "shown", "to", "be", "one", "of", "the", "earliest", "transcription", "factors", "expressed", "in", "cells", "committed", "to", "the", "neural", "fate", "[", "60", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", "the", "gene-level", "estimates", "indicated", "that", "Sox1", "was", "expressed", "significantly", "higher", "in", "NPs", "relative", "to", "hESCs", "(", "p-value", "0.00013", ",", "Figure", "1B", ")", ",", "a", "finding", "that", "was", "confirmed", "by", "RT-PCR", "(", "Figure", "1C).From", "these", "examples", ",", "we", "concluded", "that", "RT-PCR", "validation", "correlated", "well", "with", "gene-level", "estimates", "from", "the", "exon", "array", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "the", "derived", "NPs", "had", "decreased", "levels", "of", "pluripotent", "markers", "Oct4", "and", "Nanog", "but", "had", "levels", "of", "Sox1", "that", "were", "comparable", "to", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "This", "finding", "confirmed", "that", "the", "derived", "NPs", "were", "committed", "to", "a", "neural", "fate", "and", "validated", "the", "use", "of", "hCNS-SCns", "as", "a", "benchmark", "for", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Next", "we", "asked", "whether", "the", "highest", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", "reflected", "our", "existing", "knowledge", "in", "the", "literature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Using", "the", "above-mentioned", "groupings", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", ",", "HUES6-ES", ")", "and", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", ",", "2,945", "genes", "were", "enriched", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", ";", "and", "552", "genes", "were", "enriched", "in", "the", "NPs", "relative", "to", "hESCs", ",", "at", "a", "p-value", "significance", "cutoff", "of", "0.01", "(", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "Benjamini-Hochberg", "method", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "15", "most", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "included", "genes", "such", "as", "teratocarcinoma-derived", "growth", "factor", "1", "(", "TDGF1/cripto", ";", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "zinc", "finger", "protein", "42", "(", "Zfp42/Rex1", ";", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "Oct4", "(", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "Nanog", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "lin-28", "homolog", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "cadherin", "1", "preprotein", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "claudin", "6", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", ",", "ephrin", "receptor", "EphA1", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", ",", "and", "erbB3", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "TDGF1/cripto", "was", "first", "shown", "to", "stimulate", "DNA", "synthesis", "and", "cell", "proliferation", "of", "both", "undifferentiated", "and", "differentiated", "embryonic", "carcinoma", "cells", "[", "61", "]", "and", "was", "later", "shown", "to", "be", "important", "for", "cardiomyocyte", "formation", "from", "mouse", "ESC", "[", "62", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Oct4", ",", "reviewed", "in", "[", "63", "]", ",", "and", "Nanog", "[", "64", "]", "are", "crucial", "for", "the", "pluripotency", "of", "hESCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Recently", ",", "knockdown", "of", "Zfp42/Rex-1", "in", "mouse", "ESC", "caused", "the", "cells", "to", "differentiate", "[", "65", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "gene-level", "exon", "array", "analysis", "confirmed", "that", "the", "hESCs", "and", "NPs", "were", "molecularly", "distinct", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "reveal", "global", "functional", "differences", "between", "the", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "or", "NPs", ",", "the", "enriched", "genes", "were", "subjected", "to", "a", "Gene", "Ontology", "(", "GO", ",", "http://www.geneontology.org", ")", "analysis", "as", "described", "previously", "[", "55", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Enriched", "genes", "in", "hESCs", "were", "more", "likely", "to", "be", "in", "molecular", "function", "categories", ",", "such", "as", "“", "RNA", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "“", "structural", "constituent", "of", "ribosome", "”", "(", "p-value", "<", "10−51", ")", ",", "“", "exonuclease", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "cytochrome-c", "oxidase", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "“", "ATP", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "tRNA", "processing", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", "and", "“", "protein", "biosynthesis", "”", "(", "p-value", "<", "10−48", ")", ",", "consistent", "with", "our", "knowledge", "of", "hESCs", "as", "a", "rapidly", "proliferating", "population", "of", "cells", "(", "Figure", "2A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "analysis", "of", "the", "enriched", "genes", "in", "NPs", "revealed", "an", "overrepresentation", "in", "molecular", "functional", "categories", ",", "such", "as", "“", "calcium", "ion", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−8", ")", "and", "“", "structural", "molecule", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "neurogenesis", "”", "(", "p-value", "<", "10−38", ")", ",", "“", "cell", "adhesion", "”", "(", "p-value", "<", "10−13", ")", ",", "“", "cell", "motility", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", ",", "“", "development", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "neuropeptide", "signaling", "pathway", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", ",", "and", "“", "endocytosis", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", "(", "Figure", "2B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Considering", "that", "these", "were", "the", "only", "categories", "that", "were", "significantly", "enriched", "out", "of", "more", "than", "18,000", "GO", "terms", ",", "and", "that", "randomly", "selected", "sets", "of", "similar", "numbers", "of", "genes", "did", "not", "reveal", "statistical", "differences", "in", "GO", "categories", ",", "our", "results", "confirmed", "that", "the", "global", "molecular", "profiles", "derived", "from", "exon", "array", "analysis", "were", "consistent", "with", "known", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Figure", "2Gene", "Ontology", "AnalysisDifferential", "gene", "expression", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", ")", "and", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "was", "computed", "from", "gene-level", "signal", "estimates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Statistical", "significance", "for", "differential", "gene", "expression", "was", "determined", "by", "using", "t-statistics", "with", "Benjamini-Hochberg", "correction", "for", "false", "discovery", "rate", "(", "p", "<", "0.01", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Gene", "Ontology", "“", "molecular", "function", ",", "”", "“", "cellular", "component", ",", "”", "and", "“", "biological", "process", "”", "categories", ",", "which", "differed", "significantly", "(", "p", "<", "0.05", ")", "in", "the", "representation", "between", "significantly", "enriched", "genes", "(", "black", "bars", ")", "and", "all", "other", "genes", "(", "white", "bars", ")", ",", "were", "shown", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Statistical", "significance", "for", "GO", "analysis", "was", "assessed", "by", "using", "χ2", "statistics", "with", "Bonferroni", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESCs", ")", "and", "neural", "progenitor", "(", "NP", ")", "cells", "are", "excellent", "models", "for", "recapitulating", "early", "neuronal", "development", "in", "vitro", ",", "and", "are", "key", "to", "establishing", "strategies", "for", "the", "treatment", "of", "degenerative", "disorders", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "much", "effort", "had", "been", "undertaken", "to", "analyze", "transcriptional", "and", "epigenetic", "differences", "during", "the", "transition", "of", "hESC", "to", "NP", ",", "very", "little", "work", "has", "been", "performed", "to", "understand", "post-transcriptional", "changes", "during", "neuronal", "differentiation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "a", "major", "form", "of", "post-transcriptional", "gene", "regulation", ",", "is", "important", "in", "mammalian", "development", "and", "neuronal", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "Human", "ESC", ",", "hESC-derived", "NP", ",", "and", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "were", "compared", "using", "Affymetrix", "exon", "arrays", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "introduced", "an", "outlier", "detection", "approach", ",", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "to", "identify", "1,737", "internal", "exons", "that", "are", "predicted", "to", "undergo", "AS", "in", "NP", "compared", "to", "hESC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Experimental", "validation", "of", "REAP-predicted", "AS", "events", "indicated", "a", "threshold-dependent", "sensitivity", "ranging", "from", "56", "%", "to", "69", "%", ",", "at", "a", "specificity", "of", "77", "%", "to", "96", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "REAP", "predictions", "significantly", "overlapped", "sets", "of", "alternative", "events", "identified", "using", "expressed", "sequence", "tags", "and", "evolutionarily", "conserved", "AS", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "also", "reveal", "that", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "between", "hESC", "and", "NP", "will", "overlook", "14", "%", "of", "potential", "AS", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "we", "found", "that", "REAP", "predictions", "are", "enriched", "in", "genes", "encoding", "serine/threonine", "kinase", "and", "helicase", "activities", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "example", "is", "a", "REAP-predicted", "alternative", "exon", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "gene", "that", "is", "differentially", "included", "in", "hESC", ",", "but", "skipped", "in", "NP", "as", "well", "as", "in", "other", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lastly", ",", "comparative", "sequence", "analysis", "revealed", "conserved", "intronic", "cis-regulatory", "elements", "such", "as", "the", "FOX1/2", "binding", "site", "GCAUG", "as", "being", "proximal", "to", "candidate", "AS", "exons", ",", "suggesting", "that", "FOX1/2", "may", "participate", "in", "the", "regulation", "of", "AS", "in", "NP", "and", "hESC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "summary", ",", "a", "new", "methodology", "for", "exon", "array", "analysis", "was", "introduced", ",", "leading", "to", "new", "insights", "into", "the", "complexity", "of", "AS", "in", "human", "embryonic", "stem", "cells", "and", "their", "transition", "to", "neural", "stem", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "Author", "SummaryDeriving", "neural", "progenitors", "(", "NP", ")", "from", "human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESC", ")", "is", "the", "first", "step", "in", "creating", "homogeneous", "populations", "of", "cells", "that", "will", "differentiate", "into", "myriad", "neuronal", "subtypes", "necessary", "to", "form", "a", "human", "brain", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "During", "alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "noncoding", "sequences", "(", "introns", ")", "in", "a", "pre-mRNA", "are", "differentially", "removed", "in", "different", "cell", "types", "and", "tissues", ",", "and", "the", "remaining", "sequences", "(", "exons", ")", "are", "joined", "to", "form", "multiple", "forms", "of", "mature", "RNA", ",", "playing", "an", "important", "role", "in", "cellular", "diversity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "authors", "utilized", "Affymetrix", "exon", "arrays", "with", "probes", "targeting", "hundreds", "of", "thousands", "of", "exons", "to", "study", "AS", "comparing", "human", "ES", "to", "NP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "To", "accomplish", "this", ",", "a", "novel", "computational", "method", ",", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "is", "introduced", "to", "analyze", "the", "exon", "array", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "authors", "showed", "that", "REAP", "candidates", "are", "consistent", "with", "other", "types", "of", "methods", "for", "discovering", "alternative", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "REAP", "candidate", "alternative", "exons", "are", "enriched", "in", "genes", "encoding", "serine/theronine", "kinases", "and", "helicase", "activities", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "example", "is", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "gene", "that", "is", "included", "in", "hESC", ",", "but", "excluded", "in", "NP", "as", "well", "as", "in", "other", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "by", "comparing", "genomic", "sequences", "across", "multiple", "mammals", ",", "the", "authors", "identified", "dozens", "of", "conserved", "candidate", "binding", "sites", "that", "were", "enriched", "proximal", "to", "REAP", "candidate", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "human", "central", "nervous", "system", "is", "composed", "of", "thousands", "of", "neuronal", "subtypes", "originating", "from", "neural", "stem", "cells", "(", "NSCs", ")", "that", "migrate", "from", "the", "developing", "neural", "tube", "." ]

[ "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue" ]

[ "Such", "neuronal", "complexity", "is", "generated", "by", "a", "vast", "repertoire", "of", "molecular", ",", "genetic", ",", "and", "epigenetic", "mechanisms", ",", "such", "as", "the", "active", "retrotransposition", "of", "transposable", "elements", "[", "1", "]", ",", "alternative", "promoter", "usage", ",", "alternative", "RNA", "splicing", "(", "AS", ")", ",", "alternative", "polyadenylation", ",", "RNA", "editing", ",", "post-translational", "modifications", ",", "and", "epigenetic", "modulation", "[", "2", "]", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Understanding", "the", "processes", "that", "generate", "neuronal", "diversity", "is", "key", "to", "gaining", "insights", "into", "neuronal", "development", "and", "paving", "new", "avenues", "for", "biomedical", "research", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Human", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hESCs", ")", "are", "pluripotent", "cells", "that", "propagate", "perpetually", "in", "culture", "as", "undifferentiated", "cells", "and", "can", "be", "induced", "to", "differentiate", "into", "a", "multitude", "of", "cell", "types", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "[", "3", "]", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "hESCs", "can", "theoretically", "generate", "all", "cell", "types", "that", "make", "up", "an", "organism", ",", "they", "serve", "as", "an", "important", "model", "for", "understanding", "early", "human", "embryonic", "development", "." ]

[ "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "the", "hESCs", "are", "a", "nearly", "infinite", "source", "for", "generating", "specialized", "cells", "such", "as", "neurons", "and", "glia", "for", "potential", "therapeutic", "purposes", "[", "4,5", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "recent", "years", ",", "methods", "have", "been", "introduced", "to", "induce", "hESCs", "to", "differentiate", "into", "neural", "progenitors", "(", "NPs", ")", "[", "6,7", "]", "and", "neuronal", "and", "glial", "subtypes", "[", "8–12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "therapeutic", "interest", "in", "understanding", "the", "molecular", "basis", "of", "pluripotency", "and", "differentiation", "has", "led", "to", "many", "studies", "comparing", "transcriptional", "profiles", "in", "different", "hESC", "lines", "and", "the", "study", "of", "expression", "changes", "during", "the", "differentiation", "of", "hESCs", "to", "various", "lineages", "[", "13–17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NSCs", "and", "progenitor", "cells", "(", "NPs", ")", "are", "present", "throughout", "development", "and", "persist", "into", "adulthood", "[", "18–20", "]", "." ]

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "They", "are", "critical", "for", "both", "basic", "research", "and", "developing", "approaches", "to", "treat", "neurological", "disorders", ",", "such", "as", "Parkinson", "disease", "and", "amyotrophic", "lateral", "sclerosis", "(", "ALS", ")", ",", "and", "stroke", "or", "head", "injuries", "[", "21,22", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NSCs", "and", "NPCs", "can", "be", "isolated", "from", "human", "fetal", "brain", "tissue", "[", "23–26", "]", ",", "as", "well", "as", "from", "several", "regions", "of", "the", "adult", "human", "brain", ",", "such", "as", "the", "cortex", ",", "hippocampus", ",", "and", "the", "subventricular", "zone", "(", "SVZ", ")", "of", "the", "lateral", "ventricles", "[", "26–35", "]", "." ]

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Several", "studies", "have", "explored", "expression", "patterns", "of", "NPCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "For", "example", ",", "Wright", "et", "al.", "identified", "“", "expressed", "”", "and", "“", "not", "expressed", "”", "genes", "in", "NPCs", "isolated", "from", "the", "human", "embryonic", "cortex", "[", "24", "]", ";", "Cai", "et", "al.", "used", "the", "massively", "parallel", "signature", "sequencing", "profiling", "(", "MPSS", ")", "technique", "to", "analyze", "expression", "of", "fetal", "NPCs", "in", "comparison", "to", "hESCs", "and", "astrocyte", "precursors", "[", "27", "]", ";", "Maisel", "et", "al.", "used", "Affymetrix", "Gene", "Chip", "arrays", "to", "compare", "adult", "and", "fetal", "NPCs", "propagated", "in", "neurospheres", "[", "35", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "as", "with", "hESCs", ",", "the", "focus", "thus", "far", "has", "been", "primarily", "on", "transcriptional", "differences", ",", "which", "ignores", "differential", "RNA", "processing", "such", "as", "AS", ",", "polyadenylation", ",", "degradation", ",", "or", "promoter", "usage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "AS", "is", "frequently", "used", "to", "regulate", "gene", "expression", "and", "to", "generate", "tissue-specific", "mRNA", "and", "protein", "isoforms", "[", "36–39", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recent", "studies", "using", "splicing-sensitive", "microarrays", "suggested", "that", "up", "to", "75", "%", "of", "human", "genes", "undergo", "AS", ",", "where", "multiple", "isoforms", "are", "derived", "from", "the", "same", "genetic", "loci", "[", "40", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "functional", "complexity", "underscores", "the", "challenge", "and", "importance", "of", "elucidating", "AS", "regulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "AS", "appears", "to", "play", "a", "dominant", "role", "in", "regulating", "neuronal", "gene", "expression", "and", "function", "[", "41,42", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Examples", "of", "splicing", "regulators", "that", "are", "enriched", "and", "function", "specifically", "in", "neuronal", "cells", "include", "the", "brain-specific", "splicing", "factor", "Nova", "[", "43,44", "]", "and", "neural-specific", "polypyrimidine", "tract", "binding", "protein", "(", "nPTB", ")", ",", "which", "antagonizes", "its", "paralogous", "PTB", "to", "regulate", "exon", "exclusion", "in", "neuronal", "cells", "[", "45–47", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "an", "early", "report", "estimating", "that", "15", "%", "of", "point", "mutations", "disrupt", "splicing", "underscores", "the", "importance", "of", "splicing", "in", "human", "disease", "[", "48", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "the", "disruption", "of", "specific", "AS", "events", "has", "been", "implicated", "in", "several", "human", "genetic", "diseases", ",", "such", "as", "frontotemporal", "dementia", "and", "parkinsonism", ",", "Frasier", "syndrome", ",", "and", "atypical", "cystic", "fibrosis", "[", "49", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "insights", "into", "the", "regulation", "of", "AS", "have", "come", "predominantly", "from", "the", "molecular", "dissection", "of", "individual", "genes", "[", "36,49", "]", ",", "it", "is", "becoming", "clear", "that", "molecular", "rules", "can", "be", "identified", "from", "large-scale", "studies", "of", "both", "constitutive", "splicing", "and", "AS", "[", "40", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "systematic", "global", "analyses", "on", "AS", "have", "focused", "on", "comparisons", "across", "differentiated", "human", "tissues", "[", "50–52", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "one", "study", ",", "utilizing", "expressed", "sequence", "tag", "(", "EST", ")", "collections", "from", "stem", "cells", ",", "has", "attempted", "to", "find", "AS", "differences", "between", "embryonic", "and", "hematopoietic", "stem", "cells", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "utilizing", "ESTs", "to", "identify", "AS", "has", "intrinsic", "problems", ",", "as", "ESTs", "tend", "to", "be", "biased", "for", "the", "3′", "ends", "of", "genes", ",", "and", "full", "coverage", "of", "the", "genome", "by", "ESTs", "is", "severely", "limited", "by", "sequencing", "costs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "commercial", "availability", "of", "Affymetrix", "exon", "arrays", "provides", "an", "alternative", "approach", "to", "interrogate", "the", "expression", "of", "every", "known", "and", "predicted", "exon", "in", "the", "human", "genome", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Affymetrix", "GeneChip", "Human", "Exon", "1.0", "ST", "array", "contains", "∼5.4", "million", "features", "used", "to", "interrogate", "∼1", "million", "exon", "clusters", "(", "collections", "of", "overlapping", ")", "of", "known", "and", "predicted", "exons", "with", "more", "than", "1.4", "million", "probesets", ",", "with", "an", "average", "of", "four", "probes", "per", "exon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "goal", "was", "to", "identify", "and", "characterize", "AS", "events", "that", "distinguish", "pluripotent", "hESCs", "from", "multipotent", "NPs", ",", "paving", "the", "way", "for", "future", "candidate", "gene", "approaches", "to", "study", "the", "impact", "of", "AS", "in", "hESCs", "and", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "However", ",", "as", "different", "hESC", "lines", "were", "established", "under", "different", "culture", "conditions", "from", "embryos", "with", "unique", "genetic", "backgrounds", ",", "we", "expected", "that", "hESCs", "and", "their", "derived", "NPs", "might", "have", "distinct", "epigenetic", "and", "molecular", "signatures", "[", "54", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "both", "common", "and", "cell-line", "specific", "alternatively", "spliced", "exons", "are", "likely", "to", "be", "important", "in", "regenerative", "research", ",", "in", "our", "study", "two", "separate", "hESC", "lines", "were", "used", ",", "with", "independent", "protocols", "for", "differentiating", "the", "hESCs", "into", "NPs", "positive", "for", "Sox1", ",", "an", "early", "neuroectodermal", "marker", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "As", "an", "endogenously", "occurring", "population", "of", "NPs", ",", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "grown", "as", "neurospheres", "(", "hCNS-SCns", ")", "were", "utilized", "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "derived", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "We", "developed", "an", "approach", "called", "REAP", "(", "Regression-based", "Exon", "Array", "Protocol", ")", ",", "which", "is", "based", "on", "robust", "regression", "that", "analyzed", "signal", "estimates", "from", "Affymetrix", "exon", "array", "data", "to", "identify", "AS", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Experimental", "validation", "revealed", "alternative", "exons", "that", "distinguish", "hESCs", "from", "NPs", ";", "some", "of", "them", "also", "distinguish", "hESCs", "from", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "comparison", "of", "REAP-predicted", "alternative", "events", "with", "independent", "methods", ",", "such", "as", "using", "publicly", "available", "transcripts", "(", "ESTs", "and", "mRNAs", ")", "and", "computational", "predictions", "based", "on", "genomic", "sequence", "information", "alone", "[", "55", "]", ",", "showed", "a", "strong", "concordance", "of", "REAP-identified", "AS", "exons", "with", "AS", "events", "identified", "from", "these", "orthogonal", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "using", "analysis", "of", "the", "sequences", "flanking", "REAP-identified", "alternative", "exons", ",", "we", "were", "able", "to", "discover", "known", "and", "novel", "cis-regulatory", "elements", "that", "potentially", "regulate", "these", "AS", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Derivation", "of", "Neural", "Progenitors", "from", "Embryonic", "Stem", "CellsNPs", "were", "independently", "derived", "from", "two", "hESC", "lines", ",", "and", "RNA", "extracted", "from", "the", "cell", "lines", "was", "processed", "and", "hybridized", "onto", "Affymetrix", "Human", "1.0", "ST", "exon", "arrays", "." ]

[ "O", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunohistochemical", "and", "reverse-transcriptase", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "RT-PCR", ")", "analyses", "demonstrated", "that", "the", "hESCs", "expressed", "pluripotent", "marker", "genes", ",", "and", "the", "derived", "NPs", "expressed", "multipotent", "and", "neurogenic", "markers", "similar", "to", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Undifferentiated", "Cythera", "(", "Cyt-ES", ")", "and", "HUES6", "(", "HUES6-ES", ")", "hESC", "lines", "were", "maintained", "in", "culture", "as", "previously", "described", "[", "12,23,56", "]", "." ]

[ "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Utilizing", "specific", "antibodies", ",", "we", "observed", "that", "undifferentiated", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", "cells", "were", "positive", "for", "the", "pluripotent", "markers", "Oct4", ",", "SSEA-4", ",", "and", "Tra-1–80", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NPs", "were", "derived", "from", "the", "hESC", "cell", "lines", "using", "protocols", "optimized", "for", "each", "line", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Greater", "than", "90", "%", "of", "derived", "NP", "cells", "(", "Cyt-NP", "from", "Cyt-ES", "and", "HUES6-NP", "from", "HUES6-ES", ")", "were", "positive", "for", "Sox1", ",", "an", "early", "neuroectodermal", "marker", ",", "and", "Nestin", "(", "Figure", "1A", ")", ",", "and", "negative", "for", "Oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "natural", "benchmark", "for", "the", "derived", "NPs", ",", "we", "utilized", "hCNS-SCns", ",", "which", "were", "previously", "isolated", "from", "fresh", "human", "fetal", "brain", "tissues", "using", "antibodies", "to", "cell-surface", "markers", "and", "fluorescence-activated", "cell", "sorting", "[", "12,23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "hCNS-SCns", "form", "neurospheres", "in", "culture", "which", "are", "greater", "than", "90", "%", "Nestin", "and", "Sox1", "positive", ",", "and", "differentiate", "into", "both", "neurons", "and", "glial", "cells", "in", "vitro", "[", "12,23", "]", "." ]

[ "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immunohistochemical", "analysis", "confirmed", "that", "hCNS-SCns", "were", "negative", "for", "Oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "and", "positive", "for", "Sox1", "and", "Nestin", "(", "Figure", "1A).Figure", "1Molecular", "Characterization", "of", "Human", "Embryonic", "Stem", "Cell", "Lines", "and", "Neuronal", "Progenitors(A", ")", "Immunohistochemical", "analysis", "of", "markers", "in", "NPs", "derived", "from", "the", "hESC", "lines", "(", "Cyt-NP", "from", "Cyt-ES", ";", "and", "HUES6-NP", "from", "HUES6-ES", ")", "and", "in", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", "cells", "were", "Nestin", "and", "Sox1", "positive", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nuclei", "stained", "positive", "for", "Dapi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "White", "horizontal", "bar", "indicated", "15", "μm.(B", ")", "Gene-level", "signal", "estimates", "of", "marker", "genes", "(", "GAPDH", ",", "Oct4", ",", "Nanog", ",", "Nestin", ",", "Notch1", ",", "DNER", ",", "and", "Sox1", ")", "from", "Affymetrix", "exon", "array", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Vertical", "bars", "indicated", "average", "log2", "normalized", "signal", "estimates", ",", "and", "error", "bars", "represented", "standard", "deviations", "from", "three", "independent", "replicate", "experiments", "per", "cell", "type.(C", ")", "RT-PCR", "of", "marker", "genes", "(", "GAPDH", ",", "Oct4", ",", "Nanog", ",", "Nestin", ",", "Notch1", ",", "DNER", ",", "and", "Sox1).Here", ",", "known", "molecular", "markers", "were", "subjected", "to", "RT-PCR", "measurements", ",", "which", "were", "compared", "to", "gene-level", "signal", "estimates", "generated", "from", "the", "exon", "array", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Total", "RNA", "was", "extracted", ",", "and", "labeled", "cDNA", "targets", "were", "generated", "from", "three", "independent", "preparations", "of", "each", "cell", "type", ",", "namely", "Cyt-ES", ",", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "To", "facilitate", "downstream", "analyses", ",", "instead", "of", "utilizing", "the", "meta-gene", "sets", "available", "from", "the", "manufacturers", ",", "we", "generated", "our", "own", "gene", "models", "by", "clustering", "alignments", "of", "ESTs", "and", "mRNAs", "to", "annotated", "known", "genes", "from", "the", "University", "of", "California", "Santa", "Cruz", "(", "UCSC", ")", "Genome", "Browser", "Database", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "hybridization", ",", "scanning", ",", "and", "extraction", "of", "signal", "estimates", "for", "each", "probeset", "on", "the", "exon", "arrays", ",", "gene-level", "estimates", "were", "computed", "based", "on", "our", "gene", "models", "using", "available", "normalization", "and", "signal", "estimation", "software", "from", "Affymetrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "every", "gene", ",", "a", "t-statistic", "and", "corresponding", "p-value", "were", "computed", "representing", "the", "relative", "enrichment", "of", "the", "expression", "of", "the", "gene", "in", "hESC", "versus", "NP", ",", "such", "as", "in", "Cyt-ES", "versus", "Cyt-NP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]

[ "After", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "Benjamini-Hochberg", "method", ",", "a", "p-value", "cutoff", "of", "0.01", "was", "used", "to", "identify", "enriched", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Close", "inspection", "of", "all", "pairs", "of", "hESC-NP", "comparisons", "revealed", "a", "generally", "significant", "overlap", "from", "31", "%", "to", "85", "%", "of", "the", "smaller", "of", "two", "compared", "sets", "of", "enriched", "genes", "(", "see", "Figure", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", "for", "the", "purpose", "of", "identifying", "overall", "pluripotent", "and", "neural", "lineage-specific", "genes", ",", "the", "collective", "set", "of", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "was", "compared", "to", "the", "collective", "set", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES).Oct4", "and", "Nanog", ",", "which", "are", "important", "in", "maintaining", "the", "pluripotent", "state", "of", "embryonic", "stem", "cells", "(", "ESCs", ")", ",", "were", "highly", "expressed", "in", "hESCs", "but", "were", "significantly", "lower", "in", "NPs", "(", "Figure", "1B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "RT-PCR", "of", "Oct4", "and", "Nanog", "mRNA", "levels", "accurately", "reflected", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "array", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "Nestin", "was", "not", "significantly", "higher", "in", "NPs", "as", "compared", "to", "the", "hESC", "from", "the", "gene-level", "estimates", "(", "p-value", "0.065", ")", ",", "which", "was", "further", "confirmed", "by", "RT-PCR", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notch", "was", "recently", "identified", "to", "be", "important", "in", "promoting", "the", "neural", "lineage", "entry", "in", "mouse", "ESCs", "[", "57", "]", "and", "was", "shown", "to", "regulate", "stem", "cell", "proliferation", "in", "somatic", "mouse", "and", "hESC", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Gene-level", "signal", "estimates", "suggested", "that", "Notch", "was", "significantly", "higher", "in", "hCNS-SCns", "relative", "to", "hESCs", ",", "but", "levels", "of", "Notch", "were", "not", "significantly", "different", "in", "the", "derived", "NPs", "compared", "to", "hESCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Delta/Notch-like", "EGF-related", "receptor", "(", "DNER", ")", ",", "a", "neuron-specific", "transmembrane", "protein", ",", "was", "recently", "shown", "to", "bind", "to", "Notch", "at", "cell", "–", "cell", "contacts", "and", "activates", "Notch", "signaling", "in", "vitro", "[", "59", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "RT-PCR", "validation", "of", "DNER", "confirmed", "array-derived", "signal", "estimates", ",", "indicating", "an", "enrichment", "of", "DNER", "in", "NPs", "relative", "to", "hESCs", "(", "Figure", "1C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "Sox1", ",", "a", "HMG-box", "protein", "related", "to", "SRY", ",", "was", "shown", "to", "be", "one", "of", "the", "earliest", "transcription", "factors", "expressed", "in", "cells", "committed", "to", "the", "neural", "fate", "[", "60", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", "the", "gene-level", "estimates", "indicated", "that", "Sox1", "was", "expressed", "significantly", "higher", "in", "NPs", "relative", "to", "hESCs", "(", "p-value", "0.00013", ",", "Figure", "1B", ")", ",", "a", "finding", "that", "was", "confirmed", "by", "RT-PCR", "(", "Figure", "1C).From", "these", "examples", ",", "we", "concluded", "that", "RT-PCR", "validation", "correlated", "well", "with", "gene-level", "estimates", "from", "the", "exon", "array", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "the", "derived", "NPs", "had", "decreased", "levels", "of", "pluripotent", "markers", "Oct4", "and", "Nanog", "but", "had", "levels", "of", "Sox1", "that", "were", "comparable", "to", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "This", "finding", "confirmed", "that", "the", "derived", "NPs", "were", "committed", "to", "a", "neural", "fate", "and", "validated", "the", "use", "of", "hCNS-SCns", "as", "a", "benchmark", "for", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Next", "we", "asked", "whether", "the", "highest", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", "reflected", "our", "existing", "knowledge", "in", "the", "literature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "the", "above-mentioned", "groupings", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", ",", "HUES6-ES", ")", "and", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", ",", "2,945", "genes", "were", "enriched", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", ";", "and", "552", "genes", "were", "enriched", "in", "the", "NPs", "relative", "to", "hESCs", ",", "at", "a", "p-value", "significance", "cutoff", "of", "0.01", "(", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "Benjamini-Hochberg", "method", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "15", "most", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "included", "genes", "such", "as", "teratocarcinoma-derived", "growth", "factor", "1", "(", "TDGF1/cripto", ";", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "zinc", "finger", "protein", "42", "(", "Zfp42/Rex1", ";", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "Oct4", "(", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "Nanog", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "lin-28", "homolog", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "cadherin", "1", "preprotein", "(", "p-value", "<", "10−10", ")", ",", "claudin", "6", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", ",", "ephrin", "receptor", "EphA1", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", ",", "and", "erbB3", "(", "p-value", "<", "10−9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "TDGF1/cripto", "was", "first", "shown", "to", "stimulate", "DNA", "synthesis", "and", "cell", "proliferation", "of", "both", "undifferentiated", "and", "differentiated", "embryonic", "carcinoma", "cells", "[", "61", "]", "and", "was", "later", "shown", "to", "be", "important", "for", "cardiomyocyte", "formation", "from", "mouse", "ESC", "[", "62", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Oct4", ",", "reviewed", "in", "[", "63", "]", ",", "and", "Nanog", "[", "64", "]", "are", "crucial", "for", "the", "pluripotency", "of", "hESCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Recently", ",", "knockdown", "of", "Zfp42/Rex-1", "in", "mouse", "ESC", "caused", "the", "cells", "to", "differentiate", "[", "65", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "gene-level", "exon", "array", "analysis", "confirmed", "that", "the", "hESCs", "and", "NPs", "were", "molecularly", "distinct", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "reveal", "global", "functional", "differences", "between", "the", "enriched", "genes", "in", "hESCs", "or", "NPs", ",", "the", "enriched", "genes", "were", "subjected", "to", "a", "Gene", "Ontology", "(", "GO", ",", "http://www.geneontology.org", ")", "analysis", "as", "described", "previously", "[", "55", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Enriched", "genes", "in", "hESCs", "were", "more", "likely", "to", "be", "in", "molecular", "function", "categories", ",", "such", "as", "“", "RNA", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−12", ")", ",", "“", "structural", "constituent", "of", "ribosome", "”", "(", "p-value", "<", "10−51", ")", ",", "“", "exonuclease", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "cytochrome-c", "oxidase", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "“", "ATP", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "tRNA", "processing", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", "and", "“", "protein", "biosynthesis", "”", "(", "p-value", "<", "10−48", ")", ",", "consistent", "with", "our", "knowledge", "of", "hESCs", "as", "a", "rapidly", "proliferating", "population", "of", "cells", "(", "Figure", "2A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "analysis", "of", "the", "enriched", "genes", "in", "NPs", "revealed", "an", "overrepresentation", "in", "molecular", "functional", "categories", ",", "such", "as", "“", "calcium", "ion", "binding", "”", "(", "p-value", "<", "10−8", ")", "and", "“", "structural", "molecule", "activity", "”", "(", "p-value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "neurogenesis", "”", "(", "p-value", "<", "10−38", ")", ",", "“", "cell", "adhesion", "”", "(", "p-value", "<", "10−13", ")", ",", "“", "cell", "motility", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", ",", "“", "development", "”", "(", "p-value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "neuropeptide", "signaling", "pathway", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", ",", "and", "“", "endocytosis", "”", "(", "p-value", "<", "10−4", ")", "(", "Figure", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Considering", "that", "these", "were", "the", "only", "categories", "that", "were", "significantly", "enriched", "out", "of", "more", "than", "18,000", "GO", "terms", ",", "and", "that", "randomly", "selected", "sets", "of", "similar", "numbers", "of", "genes", "did", "not", "reveal", "statistical", "differences", "in", "GO", "categories", ",", "our", "results", "confirmed", "that", "the", "global", "molecular", "profiles", "derived", "from", "exon", "array", "analysis", "were", "consistent", "with", "known", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Figure", "2Gene", "Ontology", "AnalysisDifferential", "gene", "expression", "of", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", ")", "and", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "was", "computed", "from", "gene-level", "signal", "estimates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Statistical", "significance", "for", "differential", "gene", "expression", "was", "determined", "by", "using", "t-statistics", "with", "Benjamini-Hochberg", "correction", "for", "false", "discovery", "rate", "(", "p", "<", "0.01", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Gene", "Ontology", "“", "molecular", "function", ",", "”", "“", "cellular", "component", ",", "”", "and", "“", "biological", "process", "”", "categories", ",", "which", "differed", "significantly", "(", "p", "<", "0.05", ")", "in", "the", "representation", "between", "significantly", "enriched", "genes", "(", "black", "bars", ")", "and", "all", "other", "genes", "(", "white", "bars", ")", ",", "were", "shown", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Statistical", "significance", "for", "GO", "analysis", "was", "assessed", "by", "using", "χ2", "statistics", "with", "Bonferroni", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]